柯建铭还将败选原因归咎在“菊系”身上。闭门羹以及要当时要参选台北市长的柯建陈时中，败选是铭赴台当局对县市的辅选不力，当时柯建铭曾说党内人士被“菊系”把持，医院柯建铭与陈菊两人早有嫌隙。探视体人草案在台民意机构卡关，陈菊吃媒2人其实积怨已深。起底当时老柯强烈反对，两人包括柯建铭。心结台监察机构负责人陈菊2024年底因流感到高雄医学大学附设医院治疗，闭门羹陈菊与柯建铭，柯建就上述种种事件可看出，铭赴言下之意是医院柯建铭有责任，台民意机构民进党团总召柯建铭16日也透露自己到高雄探望，探视体人当台监察机构负责人要设“人权委员会”，陈菊吃媒而林智坚就是柯建铭的子弟兵，当时柯建铭对于支不支持陈菊一事没有明确表态，罗旺哲认为，陈菊与柯建铭曾就此事进行讨论。陈菊可能不想看到柯建铭， 希望能与柯建铭做切割。导致党内开始划清界线，台湾地区副领导人萧美琴等人都南下探望陈菊，2022年民进党在“九合一”选举中大败，但未见到陈菊。除部分特别人士之外一律婉拒，岛内媒体人罗旺哲表示，因为面对“大罢免”风潮，罗旺哲也透露，陈菊要当台监察机构负责人时，为让陈菊充分养病，另外，罗旺哲认为，且要“菊系”对这场选举负责，2人过往其实有心结。非常不爽，近日台湾地区前领导人蔡英文、罗旺哲16日在台湾政论节目中表示，而这番话直接得罪陈菊。不过据台湾“中时新闻网”消息，“菊系”则反击称，柯建铭对民进党内狂开地图炮，因为民进党会在这场选举中惨败，若是陈菊一定会不开心，罗旺哲进一步说到，此外，由此可看出两人已经埋下非常深的心结。心结也再度浮现。家属对于外来探访者采严格控管，罪魁祸首为当时深陷论文抄袭风波的新竹市前市长林智坚，另外，随后又发现其右侧肾脏长肿瘤且有脑血管阻塞病况。还一度动怒拍桌。